Chez un adulte, elle pèse en moyenne deux kilos ! La flore intestinale est toute cette communauté de bactéries sans lesquelles nous serions incapables d’absorber les nutriments de l’alimentation et de nous protéger contre certains agents pathogènes.
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Flore intestinale ou microbiote intestinal
Flore intestinale et microbiote
Un microbiote est l’ensemble des micro-organismes – bactéries, virus, parasites, champignons – non pathogènes et commensaux, autrement-dit vivant en symbiose avec un environnement spécifique.
Le corps humain a différents microbiotes, au niveau de la peau, de la bouche, du vagin, des poumons. Mais l’intestin est de loin, le microbiote le plus peuplé, avec 1013 micro-organismes, soit autant que le nombre de cellules qui constituent notre corps.
Flore intestinale et localisation microbiote intestinal
Le microbiote intestinal est principalement localisé dans l’intestin grêle et le côlon, où le mucus intestinal forme un film protecteur. A l’inverse, il est beaucoup moins présent dans l’estomac, en raison de l’acidité gastrique de celui-ci.
Composition de la flore intestinale
Autrefois appelée flore bactérienne car on la pensait uniquement constituée de bactéries, elle est constituée de différentes souches :
Flore intestinale : état des connaissances
Trop de peu de bactéries sont cultivables in vitro. Si bien que seul le séquençage du matériel génétique a permis sa bonne connaissance et un nouveau développement de la Recherche dans son rôle dans certaines maladies digestives, mais aussi immunitaires ou neurologiques.
Flore intestinale : différents types de bactéries
Les bactéries sont les plus nombreuses. Parmi celles-ci, il existe trois grands entérotypes (ou groupes de bactéries) :
- Les “bactéroides” (les Firmicutes, les Protobactéries, les CFB (Cytophages, Flavobactérium et Bacteroidetes) et les Escherichia coli) sont favorisées par une alimentation riche en viande,
- les Prevotella le sont par une alimentation riche en glucides.
- Quant aux Ruminococcus, elle ne semblent pas gouvernées par un régime alimentaire spécifique.
Flore intestinale et microbiote unique à chaque individu
Tout comme l’empreinte digitale, le microbiote intestinal est propre à chacun : sur les 160 espèces de bactéries différentes que comporte en moyenne le microbiote d’un adulte, seule la moitié se retrouve d’un individu à l’autre. Il existe toutefois un socle commun de 15 à 20 espèces, qui jouent le rôle essentiel du microbiote.
Flore intestinale et microbiote à la naissance
Pendant la période de gestation, le tube digestif du bébé est colonisé par les micro-organismes présents dans l’environnement intra-utérin. La flore se constitue à partir de la naissance par contact avec l’environnement (vagin maternel, air ambiant, allaitement puis alimentation) au cours des trois premières années de la vie.
A ce sujet, la prise d’antibiotiques avant l’âge de 3 ans fragiliserait la flore en réduisant sa diversité, avec un risque accru d’exposition aux maladies inflammatoires (maladie de Crohn, etc) ou à l’obésité.
Le rôle de la flore intestinale dans l’organisme
Flore intestinale et digestion
Lorsque nous nous alimentons, la flore commence par se nourrir elle-même pour assurer sa propre subsistance. Pour ce faire, elle puise principalement dans les fibres alimentaires.
En même temps, elle assure notre propre digestion, en rendant les aliments assimilables par l’organisme : assimilation des nutriments, synthèse de certaines vitamines (vitamine K, certaines vitamines B) et des trois acides aminés essentiels (valine, leucine, isoleucine), hydrolyse des acides gras, du calcium et du magnésium, fermentation des substrats et résidus alimentaires non digestibles.
Flore intestinale et système immunitaire
La paroi intestinale est un lieu de contact important entre l’extérieur (les aliments) et l’intérieur de l’organisme. Au total, chez un adulte, la paroi intestinale représente une superfmagnésiumicie d’environ 300 m2, soit l’équivalent d’un terrain de tennis.
Cette paroi intestinale laisse passer les nutriments et joue le rôle de barrière contre les agents pathogènes. Pour ce faire, la flore est essentielle, car elle empêche ces derniers de coloniser l’intestin. D’ailleurs, 60% des cellules immunitaires de l’organisme se situent dans l’intestin.
Ainsi, la bactérie Escherichia coli défend le tube digestif contre les agents pathogènes, en entrant en compétition avec elles et en produisant des substances bactéricides.
Flore intestinale et inflammation
La Recherche a mis à jour le lien entre un déséquilibre de cette flore et certains phénomènes inflammatoires.
Lorsque nous sommes en bonne santé, un certain niveau d’inflammation permet l’activation du système immunitaire, qui contrôle lui-même l’équilibre de la flore.
Mais en présence de certaines bactéries inflammatoires (telles que les lipopolysaccharides), les macrophages de l’intestin créent à leur tour de l’inflammation (des cytokines) qui rendent la paroi de l’intestin perméable. Les bactéries inflammatoires peuvent alors la passer pour créer de l’inflammation dans d’autres tissus.
Flore intestinale et maladies de l’intestin
Les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) telles que la maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique ont un lien direct avec le système immunitaire dans l’intestin. Mutation génétique (des gènes en charge de la reconnaissance de l’immunité innée), mais aussi déficit de certaines bactéries au profit de celles qui sont inflammatoires sont prépondérants.
Flore intestinale : surpoids, obésité et maladies cardiovasculaires
Si certaines pathologies sont multi-factorielles, il s’avère que le déséquilibre de cette flore participe de leur genèse.
Ainsi, dans le cas de l’obésité ou du diabète de type II, l’inflammation chronique est elle-même “alimentée” par un excès d’apport de graisses. Cet apport en excès favorise le processus inflammatoire (la présence de bactéries inflammatoires engendrant une réaction inflammatoire de l’intestin) qui traverse la paroi intestinale pour affecter les tissus adipeux et musculaires. Cette affection est à l’origine de l’insulinorésistance.
Dans le cas de pathologies cardiovasculaires, la trop grande perméabilité de la paroi intestinale laisserait passer dans la circulation sanguine certains déchets du microbiote, qui favoriseraient la formation de la plaque d’athérome.
Qu’est-ce qui détruit la flore intestinale ?
Une bonne hygiène de vie est essentielle à la qualité de la flore. Une alimentation avec un excès de viande rouge, de sucres (dont les boissons gazeuses trop riches en sucre blanc) et de graisses, une consommation immodérée d’alcool et de tabac, détruit la flore intestinale.
Comment restaurer et entretenir une flore intestinale ?
Flore intestinale : les aliments riches en probiotiques
Les probiotiques sont des bactéries vivantes, qui améliorent notre flore. Elles se trouvent dans les laitages (yaourts), certains fromages (le gruyère, le cantal, le munster, le camembert, le roquefort), les poissons fumés , certaines plantes à bulbe (l’ail, l’oignon, le poireau), les olives, la sauce soja.
Les antibiotiques ne détruisent pas seulement les mauvaises bactéries, mais aussi les probiotiques. En cas de prise d’antibiotiques, il est important de reconstituer sa flore intestinale.

Quels aliments manger pour refaire la flore intestinale ?
Flore intestinale : les aliments riches en fibres
Les fibres alimentaires solubles nourrissent également les bonnes bactéries. Parmi celles-ci, les agrumes, les pommes de terre, les carottes, la poire, l’asperge, le raisin, les baies ou encore l’artichaut.
Quant aux fibres alimentaires insolubles, ils favorisent le transit. C’est le cas des céréales et légumineuses.
Enfin, certaines racines ont des vertus dépuratives. C’est le cas pissenlit, du fenouil, du radis noir, de la bardane
Refaire sa flore intestinale naturellement, le miel
Le miel est un excellent anti-bactérien, ce qui est également vrai au niveau de la paroi intestinal. C’est aussi un anti-oxydant, qui favorise le développement des bonnes bactéries.
Flore intestinale et thé vert
Le thé vert est très bénéfique pour le système digestif. Outre la cure de détox, il régule en douceur le transit. Comme toutes les bonnes choses, à consommer avec modération, car il contient de la caféine.